為了點燃每位長老教會信徒的宣教使命，總會研發小組於1996／1997年間，就積極研議成立 「台灣基督長老教會宣教基金會」，祈望使我們的教會透過基金會的運作，成為有宣教異象、目標及使命的教會。更盼望透過宣教基金會，讓每位信徒能參與宣教事工，更進一步體驗到留下信仰的遺產給我們子孫，更勝於留下世上的財寶給他們，進而願意捐贈財產或遺產給宣教基金會來推動宣教事工。就像主耶穌的教導「不可為自己積聚財寶在地上，因為有蟲蛀，也會生銹，又有盜賊破門進來偷竊。要為自己積聚財寶在天上；那裏沒有蟲蛀，不會生銹，也沒有盜賊進來偷竊。你的財寶在哪裏，你的心也在那裏。」( 馬太六：19-20 )。宣教基金會在2000年3月正式成立。

　　前東元公司董事長偕林波士先生，把東元電機的股票五百萬股 ( 當時之市價約三億元 ) 捐給宣教基金會。 許鴻源長老的家屬，在宣教基金會成立後，得知宣教基金會的異象及使命，捐贈其遺產二千萬元成為宣教基金會之基金。 除了上述兩位信仰前輩為宣教基金會奉獻之外，在宣教基金會成立之初，也有非常多主內的兄弟姐妹，為宣教基金會奉獻成立時所需的三仟萬元，熱心的參與奉獻。